Hallo,
solange du deine Pakete alle per apt (oder dem grafischen Frontend dafür) installiert hast, sollte es bei der Paketverwaltung keine Probleme geben und die apt-tools halten das System schön sauber.
Bei manuell installierter Software sieht das etwas anders aus, da musst du schon den Überblick bewahren, wo sich was hingeschrieben hat.
Eine Art registry war mal im Gespräch, ich sehe aber noch keine. Grundsätzlich vielleicht keine schlechte Idee. Doch finde ich es so, wie es jetzt ist, völllig ausreichend und übersichtlich genug
Gruß
Rodge