Warum kann die Software dann nicht einfach der Fritzbox die Zieltelefonnummer sagen und ansonsten nur mit der Fritzbox "telefonieren". Die Fritzbox sollte das dann weiterreichen an den SIP Provider zur übertragung an die Zieltelefonnummer.
Wenn die Freitzbox weiterhin das VoIP abwickeln soll, brauchst Du doch nur einen Wählclient für'n Modem, das ein Telefon emuliert und aus'm TAE-Stecker zur Box rausschiebt. Wenn Du über das Netzwerkkabel telefonieren möchtest, brauchst Du aber wohl doch einen Software VoIPclient, der parallel neben dem FritzboxVoip arbeitet.