Also ich sehe da kein Problem. Es wird die ausgewählte Datei aus dem Fenster mit dem Fokus gelöscht. Die andere bleibt wie sie ist.
Es wäre doch viel schlimmer, wenn Nautilus die Markierung einfach vergessen würde. Das wäre ja enorm unpraktisch.
Ich finde es eigentlich gerade gut, dass Nautilus sich die Markierungen oft merkt. Bei den Vor-, Zurück- und Nach-oben-Tasten ist beispielsweise immer der passende Ordner markiert, so dass man sich schnell zurecht findet. Wir sind doch hier nicht auf Windows-Niveau, oder?

(Aber da bin ich mir auch nicht sicher, ob denen auch irgendwann mal aufgefallen ist, dass Komfort durchaus positive Seiten hat *scnr*)
Gruß, Stefan