Das dürfte an Compiz liegen. Da muss du eine Ausnahme für die Panels anlegen.
CompizConfig Einstellungsmanager > Window Decoration > Shadow Windows (auf das + klicken)
Beziehung: Und
Umkehren: ja
Dann musst du mal die verschiedenen Einstellungen ausprobieren und anschließend immer auf auswählen klicken. Jetzt das Panel anklicken.
Ich würde zu Fensterklasse tendieren, dass gilt dann für alle Panels (die Klasse müsste Dock o. Ä. sein)
Gruß, Stefan
//edit: Falls es CompizConfig Einstellungsmanager nicht gibt, musst du erst compizconfig-settings-manager installieren.